La gobernanza en salud permite desarrollar capacidades en las instituciones con el fin de garantizar el cumplimiento de los objetivos en salud planteados, tal y como lo plantea la Agencia de Estados Unidos para el Desarrollo Internacional de la siguiente forma: “La gobernanza en salud es el proceso de dirigir completamente los recursos del sistema de salud, los objetivos y la participación de los stakeholders hacia el objetivo de salvar vidas y hacer de este procedimiento un proceso abierto, transparente, con rendición de cuentas, equitativo y con capacidad de respuesta a las necesidades de la gente” (USAID 2006).

El proceso de fortalecimiento de la capacidad institucional de gobernanza de los sistemas de seguridad social en salud, implementado por el IGLA,  compromete y regula al sector público y al sector privado; tiene en cuenta la importancia del desarrollo de asociaciones público privadas, y de todos los actores de la sociedad; incluye regulación a partir de las entidades gubernamentales, administración del riesgo por parte de las entidades aseguradoras y prestación adecuada y oportuna de servicios por parte de los prestadores de servicios. Incluye además la optimización financiera a partir de contratos eficientes y de compras compartidas para la generación de incentivos que permiten la alineación de los objetivos del sector público y del sector privado en pro de la salud de las personas (The Health System Assessment Approach: A How To Manual).